Για την εξέταση της γαστροσκόπησης ο ασθενής λαμβάνει ένα τοπικό υγρό αναισθητικό, που ψεκάζεται στο πίσω μέρος του λαιμού του.
Το αναισθητικό μουδιάζει τον λαιμό και μειώνει το αντανακλαστικό στον φάρυγγα.
Με μία ενδοφλέβια έγχυση από τον καθετήρα, που έχει τοποθετηθεί σε μία φλέβα στον βραχίονα του ασθενούς χορηγείται ένα ηρεμιστικό φάρμακο.
Η χορήγηση του ηρεμιστικού βοηθάει τον ασθενή να παραμένει χαλαρός και ο ιατρός παρακολουθεί τα ζωτικά του σημεία.
Κατά τη διάρκεια της γαστροσκόπησης, ο ασθενής βρίσκεται στην πλάτη ή στο αριστερό πλάι του επάνω στην εξεταστική κλίνη και ταυτόχρονα ένα ενδοσκόπιο προωθείται στον οισοφάγο, στο στομάχι και στον δωδεκαδάκτυλο.
Η κάμερα του ενδοσκοπίου μεταδίδει μια εικόνα βίντεο σε μια οθόνη, που επιτρέπει τη λεπτομερή εξέταση του ανώτερου γαστρεντερικού σωλήνα.
Αέρας προωθείται μέσω του ενδοσκοπίου και φουσκώνει το στομάχι και τον δωδεκαδάκτυλο για την πιο εύκολη εξέτασή τους.
Ταυτόχρονα, ειδικά εργαλεία μέσα από το ενδοσκόπιο επιτρέπουν στον ιατρό να λάβει βιοψίες, να σταματήσουν πιθανή αιμορραγία και να πραγματοποιήσουν οποιαδήποτε άλλη θεραπεία ή επέμβαση.